1944年后荣格隐居在出生地的一个湖畔，静静地探索人类心理的奥秘。一些传记学者提到，荣格在这段隐居生活里，沉浸于自己的梦和幻想当中，不断地作自省式的分析，对自我潜意识有很深的探讨，直至1961年6月6日逝世，享年86岁。
荣格其人与他描绘的人格理论一样令人费解，有人说他是一个神秘莫测、难以捉摸的人，也有人说他根本就患有精神病。与弗洛伊德分开之后，他一直力图发展一套自己的理论和方法来研究人类的心理问题。为此他广泛研究了古代的占星术、炼金术、中国和印度的宗教、印第安人的风俗和非洲土著的宗教仪式等，努力从中找寻规律，发掘经验和灵感。由于他博学多闻，理论纵贯古今东西方的思想和文化，因而他的著作常常显得有几分神秘色彩，富有象征性，甚至通篇是艰深晦涩的描述，很难理解。因此也有人认为他行走于宗教和心理之间。为了与弗洛伊德的精神分析以及阿德勒的个体心理学相区别，荣格称自己的心理学为分析心理学（Analytical Psychology）。
荣格一生著作颇丰，代表著作有：《本能与潜意识》（1916）、《美学中的类型问题》（1921）、《论分析心理学与诗歌的关系》（1922）、《现代人的精神问题》（1928/1931）、《精神分析与灵魂治疗》（1928）、《纪念理查德·威廉》（1930）、《心理学与文学》（1930/1950）、《分析心理学的基本假设》（1931）、《毕加索》（1932）、《现实与超现实》（1933）、《心理学的现代意义》（1933）、《集体潜意识的原型》（1934/1950）、《集体潜意识的概念》（1936）、《心理学与宗教》（1937）、《分析心理学中的善与恶》（1959）等。