同时，在合作学习研究的过程中，许多研究者发现传统的竞争教学方式主要存在着两个问题。第一，竞争奖励结构所提供的成功机会很少，只有少数人取胜，而大多数人以失败告终。只有那些成绩十分优秀的学生才能取得成功，获得奖励的机会。而对于成绩中等和低等的学生来说，成功几乎是不可能的。因而使他们对学习失去了信心，不再有学习的积极性。第二，竞争的奖励系统所形成的同伴关系也干扰了学生的学业努力。因为少数学生的成功会减少大多数学生的成功机会，所以同伴之间往往相互排斥甚至相互敌对，有时甚至对成绩水平高的“教师的宠儿”进行责难，干扰了他的继续努力。至于个体化教学，则完全忽视了形成积极的同伴关系这一环节。
很明显，合作型目标结构创设了学生之间积极的同伴关系，而这种积极的同伴关系对学生的学习又产生了积极而且意义深远的影响。